Nem meglepő, hogy a veleszületett rendellenességek meglehetősen gyakran fordulnak elő, ha figyelembe vesszük azt, hogy mennyire összetett az a fejlődési folyamat, melynek során egyetlen megtermékenyített petesejtből több milliárd, az emberi szervezetet felépítő specializálódott sejt lesz. Bár a legtöbb veleszületett rendellenesség oka ismeretlen, bizonyos genetikai és környezeti tényezők növelik kialakulásuk kockázatát. Ezek közé tartozik a sugárzás, egyes gyógyszerek (pl. az izotretinoin, melyet a súlyos akne kezelésére használnak), az alkohol, a hiányos táplálkozás, az anya bizonyos fertőzései, sérülések és örökletes betegségek. Néhány tényező elkerülhető, mások azonban nem, függetlenül attól, hogy a terhes anya mennyire szigorúan tartja be az egészséges életmód szabályait.

Károsító anyagok (teratogének): Teratogén minden olyan anyag, amely veleszületett rendellenességet okoz, vagy növeli annak kockázatát. Ilyen a sugárzás (így a röntgensugárzások is), egyes gyógyszerek, valamint a méreganyagok (többek között az alkohol). A legtöbb olyan terhes nő, aki teratogénekkel került kapcsolatba, egészséges gyermeket szül. Az, hogy kialakul-e rendellenesség, attól függ, hogy az anya mikor, milyen mértékben és mennyi ideig volt kitéve a teratogén hatásnak. Leggyakrabban azt a szervet károsítják, amely éppen behatás ideje alatt fejlődik. Például, ha teratogénnel az anya abban az időszakban találkozik, amikor az agy egy bizonyos területe fejlődik, sokkal nagyobb a valószínűsége az adott agyterület károsodásának, mint e kritikus időszak előtt vagy után. Sok veleszületett rendellenesség még azelőtt kialakul, hogy az anya tisztában lenne azzal, hogy terhes.

Táplálkozás:A magzat egészséges fejlődéséhez tápláló étrendre van szükség. Ha az anya étrendjében például nincs elegendő folsav, akkor megnő a nyitott gerinc, és más agyi illetve gerincvelői fejlődési rendellenességek kialakulásának kockázata; ezeket velőcsőzáródási zavaroknak nevezik. Az anyai elhízás (obezitás) szintén növeli a velőcső-záródási zavarok kialakulásának a veszélyét.

Genetikai és kromoszómális tényezők:A kromoszómákban és a génekben is előfordulhatnak rendellenességek. Ezeket a gyermek örökölheti a szüleitől, akik lehetnek betegek, vagy tünetmentes hordozók. Sok veleszületett rendellenességet azonban a gyermek génjeiben bekövetkezett látszólag véletlen és megmagyarázhatatlan változások (mutációk) okoznak. A legtöbb, genetikai eredetű fejlődési rendellenesség nem csupán egyetlen testrész egyértelmű hibája.

Fertőzések:A terhes nők bizonyos fertőzései veleszületett rendellenességet okozhatnak. Az, hogy egy fertőzés okoz-e rendellenességet, a magzat korától függ. A leggyakoribb elváltozást okozó fertőzések a citomegalovírus, a herpeszvírus és a parvovírus fertőzés (ötödik betegség), a rózsahimlő (rubeóla), a bárányhimlő (varicsella), a toxoplazmózis (amely a macska ürülékével terjed) és a szifilisz. Ezekről a fertőzésekről a terhes nő nem feltétlenül szerez tudomást, ugyanis felnőttekben tünetszegények vagy tünetmentesek lehetnek.

A terhesség során az orvos felméri, hogy fokozott-e a magzati fejlődési rendellenességek kialakulásának kockázata. Veszélyeztetettek a 35 évesnél idősebb nők, valamint azok, akiknek a kórtörténetében gyakori vetélések szerepelnek, továbbá akiknek korábbi terhességükből kromoszómaanomáliával vagy fejlődési rendellenességgel született gyermekük, vagy akiknek a gyermeke ismeretlen ok miatt meghalt. Ezekben a nőkben speciális vizsgálatokra van szükség annak megállapítására, hogy a magzat egészséges-e.

A megszületés előtt végzett (prenatális) ultrahangvizsgálattal gyakran ki lehet mutatni bizonyos veleszületett rendellenességeket. Egyes esetekben a vérvizsgálatok is segíthetnek; például ha az anya vérében emelkedett az alfa-fötoprotein szintje, ez az agy vagy a gerincvelő veleszületett rendellenességére utal. Amniocentézisre (magzatot körülvevő magzatvízből mintavétel) vagy korion boholy biopsziára (szövetmintavétel a magzatot körülvevő magzatburokból) is szükség lehet a feltételezett diagnózis alátámasztására. A veleszületett anomáliákat egyre gyakrabban lehet diagnosztizálni már a megszületés előtt.