E kórképekről akkor beszélünk, ha a pajzsmirigy túl kevés (hipotireózis) vagy túl sok (hipertireózis) hormont termel.
Hipotireózis:Ha az újszülöttkori hipotireózist nem kezelik, lelassul a növekedés és az értelmi fejlődés, végül pedig értelmi fogyatékosság alakul ki. Az újszülöttkori hipotireózis leggyakoribb oka a pajzsmirigy teljes hiánya vagy fejletlensége. Kezdetben nincsenek tünetek. Később levertség, rossz étvágy, székrekedés, rekedt sírási hang, köldöksérv (a hasüregi szervek kiboltosulása a köldöknél) és a növekedés elmaradása jelentkezhet. Végül pedig az újszülöttnél durva arcvonások alakulnak ki, és a nyelv megnagyobbodik.
A korán megkezdett kezeléssel megelőzhető az értelmi fogyatékosság. Emiatt a megszületés után minden újszülöttől vért vesznek a kórházban a pajzsmirigyhormon szintjének a meghatározása céljából. A kezelés pajzsmirigyhormonnal történik.
Hipertireózis:Ritkán újszülöttkorban is
jelentkezhet hipertireózis vagy Basedow-kór. Általában olyankor alakul ki, ha az
édesanya Basedow-kórban szenved a terhessége alatt, vagy ha a terhesség előtt
Basedow-kór miatt kezelésben részesült. Basedow-kórban 
a
beteg szervezete olyan ellenanyagokat termel, melyek fokozott hormontermelésre serkentik
a pajzsmirigyet. Ezek az ellenanyagok átjutnak a méhlepényen, és a magzat pajzsmirigyére
is hasonlóképpen hatnak. Az érintett újszülöttekben ez fokozott anyagcserét okoz, mely
szapora szívműködéssel és légzéssel, ingerlékenységgel, fokozott étvággyal és elégtelen
súlygyarapodással jár.
Az újszülött szemei, akárcsak az édesanyjáé, dülledtek lehetnek (exoftalmusz). Ha a pajzsmirigy megnagyobbodik (golyva), nyomhatja a légcsövet, és akadályozhatja a légzést. Amennyiben a szívfrekvencia nagyon magas, szívelégtelenség alakulhat ki. A Basedow-kór halálos lehet, ha nem veszik észre, és nem kezelik.
A hipertireózis gyanúja a jellegzetes tünetek alapján merül fel. A diagnózist az újszülött vérében kimutatható emelkedett pajzsmirigyhormon szint és anyai pajzsmirigy-serkentő ellenanyagok támasztják alá.
A hipertireózis kezelésére az újszülöttnek olyan gyógyszereket (pl. propiltiouracilt) adnak, amelyek lassítják a pajzsmirigy hormontermelését. A kezelésre mindössze néhány hónapig van szükség, ugyanis az anyai ellenanyagok, melyek a méhlepényen keresztül kerültek a magzat vérébe, ennyi ideig maradnak az újszülött keringésében.
