A Lyme-kór három szakaszban (stádium) zajlik: korai-helyi (lokalizált), korai-szórt (disszeminált), késői. A korai és késői szakaszok között általában tünetmentes időszak van.

A korai-helyi szakasz többnyire nagy, vörös folttal kezdődik a kullancscsípés helyén, általában a törzsön, combon, ülepen vagy a karon. A folt (eritéma migránsz) ezután tágul és eléri a 15 cm átmérőt, közepe rendszerint feltisztul (céltáblaszerűen). Az eritéma migránsz nem viszket és nem fáj, de meleg tapintatú lehet. A fertőzöttek mintegy 25%-ában nem alakul ki a vörös folt - vagy legalábbis nem veszik észre.

A Lyme-kór korai-szórt (disszeminált) szakasza akkor kezdődik, amikor a kórokozók vándorolni kezdenek a kullancscsípés helyéről. Ilyenkor sok beteg fáradtságot érez, hidegrázása és láza, fejfájása, tarkómerevsége, izom- és ízületi fájdalmai vannak. A betegek közel felében a test más helyein is képződnek eritéma migránsz foltok ("vándor" foltok), ezek már általában kisebbek. Ritkább tünetek a hátfájdalom, a hányinger, hányás, a torokfájdalom, a nyirokcsomó- és lépmegnagyobbodás. A tünetek legtöbbje megjelenik, majd elmúlik, ám a betegség- és fáradtságérzés hetekig fennáll. A tünetek megfázásnak vagy egyszerű vírusfertőzésnek felelnek meg, különösen, ha a vándorfoltok hiányoznak.

A korai-szórt szakaszban olykor súlyosabb tünetek is kialakulhatnak. Idegműködési rendellenességek összességében 15%-ban jelennek meg a kórkép kapcsán. Leggyakoribb a fejfájás, tarkómerevség, az agy- és gerincvelőt borító hártyák érintettsége (aszeptikus meningitisz), az egyik arcfél izomgyengesége (Bell-féle bénulás); ezek kezelés hiányában hónapokig megmaradhatnak. Idegi fájdalom és erőtlenség léphet fel más területeken még hosszabb ideig. Szabálytalan szívverés (arritmia) és a szív külső burkának gyulladása (perikarditisz) okozhat mellkasi fájdalmat a fertőzöttek 8%-ában.

A kezeletlen Lyme-kór kései szakára a fertőzés után hónapokkal-évekkel kerül sor. E kései szakban a betegek körülbelül felének ízületi gyulladása (artritisz) lesz. A nagyízületek, elsősorban a térd duzzanatával és fájdalmával járó időszakok több éven keresztül visszatérnek. A térdek nem is annyira fájdalmasak, mint inkább duzzadtak, gyakran meleg tapintatúak és ritkán vörösek. Ciszták alakulhatnak ki a térd mögött, és azok megrepedése hirtelen fokozza a fájdalmat. A Lyme-artritiszben szenvedők mintegy 10%-ában állandósul a térd betegsége. Ennél kevesebb betegnek kell idegrendszeri rendellenességgel küzdeni, ami lehet hangulatbetegség, beszéddel, emlékezettel, alvással kapcsolatos eltérés. Idegrendszeri rendellenesség lehet még néha a háton, a lábakban vagy a karban érzett zsibbadás vagy nyilalló fájdalom.

A tenyésztés nem segít, mert aBorrelia burgdorferi-t nagyon nehéz mesterséges körülmények között szaporítani. A legelterjedtebb vizsgálat a kórokozóval szembeni ellenanyagok mérése a vérben. Az antitest vizsgálat azonban önmagában nem elég, mert egyrészt a Lyme-kór korai szakában gyakran negatív, másrészt néha pozitív akkor is, ha a vizsgált személy nem fertőzött. A kórisme felállításához ezért a vérvizsgálat is, és a jellegzetes tünetek megléte is szükséges, feltéve, hogy a vizsgált személy olyan helyen él (vagy ott járt), ahol a Lyme-borreliózis elterjedt.

Némi nehézséget jelent tehát, hogy egyelőre nem lehet egyértelműen, perdöntő módon igazolni a betegséget. Olyan területeken, ahol a Lyme-kór gyakori, sok, ízületi fájdalomról, koncentrálási zavarról vagy állandó fáradtságról panaszkodó személy úgy gondolja, hogy késői Lyme-kórja van, jóllehet sohasem volt bőrkiütésük vagy más, a betegség korai szakára jellemző tünetük. Közülük csak kevésnek van valóban Lyme-kórja; tüneteik más kórképek velejárói. Ha valakinek sohasem volt a korai szakaszra jellemző tünete, a Lyme ellenanyagok nem eléggé megbízhatóak a kórisme felállításához. Ha egy orvos kizárólag az antitest eredmények alapján diagnosztizálna, sok emberről jelentené ki, hogy Lyme-kórja van, holott a valóságban nincs. Effajta feltételezés nem egyszer ad okot hosszú és eredménytelen antibiotikum kezelésre.

Az orvosok legtöbbje nem rendel antibiotikumot egyszerű kullancscsípés esetén, ha a betegnek nincsenek bőrjelenségei vagy egyéb tünetei. Kivételt néha olyan területeken tesznek, ahol a Lyme-borreliózis sűrűn fordul elő (endémiás) olyankor, amikor a kullancs nagyra nőtt (vagyis hosszú ideje befúródott).

A Lyme-kór minden szakaszában reagál ugyan az antibiotikumokra, mégis a korai kezeléssel lehet leghatásosabban kivédeni a szövődményeket. A szájon át adott doxiciklin, amoxicillin, penicillin vagy eritromicin mind hatékony a betegség korai szakában. Intravénás antibiotikum kezelést súlyos idegrendszeri kórkép indokol. A gyógyszerkezelés 3-4 hétig tart.

Az antibiotikumok elpusztítják a kórokozót a betegség kései stádiumában is, és az ízületi gyulladás a legtöbb esetben javul. Néhány betegnek azonban tartós marad artritisze, mert a gyulladás a baktérium pusztulása után is fennáll. Nem szteroid gyulladásgátló szerek, így az aszpirin vagy az ibuprofen, enyhíthetik a duzzadt ízületek fájdalmát. A bennük felhalmozódó folyadékot le szokták ereszteni (drenálni). Van, akinek a mankó használ.

Lyme-kór elleni védőoltás létezett, de kivonták a forgalomból. ((Csak az USA-ban létezett, Európában nem.))