A baktériumok mikroszkópikus, egysejtű élőlények. Sok ezer fajtájuk él az egész világon. Vannak, amelyek a természetben élnek, mások az emberek és állatok bőrén, légutaiban, szájüregében, tápcsatornájában és húgyutaiban. A rengeteg féle baktérium közül csak néhány okoz betegséget.

A baktériumokat többféleképpen lehet osztályozni. Lehet például alakjuk szerint. A gömb alakúakat kokkuszoknak (kokkusz, kokki) nevezzük, a hosszúkás, pálcához hasonlókat bacillusoknak, a spirál alakúakat spirohétáknak.

Az osztályozás más módja annak alapján történik, hogy milyen színt nyer a baktérium bizonyos festési eljárások után (Gram-festés). A kékre festődőket Gram-pozitívnak, a rózsaszínre festődőket Gram-negatívnak hívják. A Gram-pozitív illetve -negatív baktériumok más-más betegséget okoznak, és különböznek az antibiotikumok is, amelyek hatékonyak velük szemben.

A Gram-negatív kórokozóknak egyedülálló külső burkuk van, mely megvédi őket számos gyógyszer behatolásától, ezért a Gram-negatívok többnyire kevésbé érzékenyek antibiotikumokra, mint a Gram-pozitívok. A Gram-negatív baktériumok külső burka (membrán) gazdag lipopoliszacharid molekulákban. Amikor egy ilyen Gram-negatív baktérium a véráramba kerül, lipopoliszacharidok magas lázat sőt, életveszélyes vérnyomáscsökkenést idézhetnek elő. A bakteriális lipopoliszacharidokat endotoxinoknak nevezzük.

A Gram-negatív baktériumok előszeretettel cserélik örökítő anyagaikat, a DNS-t ugyanazon baktériumfajhoz tartozó más törzsekkel, sőt, más fajokkal is. Ezért ha egy Gram-negatív baktérium génállományában változás történik (mutáció), aminek következtében például érzéketlenné válik egy antibiotikumra, a DNS-t megoszthatja egy másik törzshöz tartozó baktériummal, s így ez a másik törzs (recipiens) is érzéketlenné válik.

A Gram-pozitív baktériumok körében általában lassabban alakul ki antibiotikum-rezisztencia. Egyes Gram-pozitív fajok (például aBacillus anthracisés aClostridium botulinum) által termelt méreganyagok (toxinok) súlyos betegséget okoznak.

A baktériumok osztályozásának harmadik módja oxigén felhasználásuk alapján történik. Legtöbbjük oxigén jelenlétében él és szaporodik; ezeket aerob baktériumoknak hívjuk. Azokat, amelyek csak nagyon kevés oxigént tűrnek, vagy számukra az oxigén mérgező, anaeroboknak nevezzük. Az anaerob kórokozók a test olyan részeiben tenyésznek, ahol alacsony az oxigén szint - például a belekben, elpusztult szövetekben, nagyon mély és szennyezett sebekben.

Anaerob baktériumok több száz faja él folyamatosan, békésen a bőrön és a nyálkahártyákon (így a szájüregben, a bélrendszerben és a hüvelyben); és sok száz milliárd baktérium található néhány köbcentiméternyi székletben. A legtöbb anaerob fertőzés a szervezet saját baktérium állományából indul.

Az anaerobok többnyire sérülés vagy műtéti megnyitás során kerülnek a bőrszövetbe és az izomba - elősegíti ezt, ha a szövet vérellátása gyenge. Magától is kialakulhat fertőzés bizonyos rosszindulatú kórképekben, vagy ha a védekezőrendszer legyengült. A szájüregben is gyakoriak az anaerob fertőzések, és e kórokozók néha idült fertőzést idéznek elő (akutat, azaz hevenyt viszont nem) az orrmelléküregekben és a középfülben. Anaerob fertőzésekből gennygyülemek, tályogok (abszcesszus) is kialakulhatnak. Súlyos anaerob fertőzésekben gyakran gáz termelődik és szabadul fel a környező szövetekbe.

A betegséget okozó anaerobok közé tartoznak aClostridium-fajok (emberek és állatok tápcsatornájában élnek, de a porban, a talajban, rothadó növényzetben is), valamint aPeptococcusésPeptostreptococcusfajok - melyek ugyancsak a száj, a felső légutak és a vastagbél rendes baktérium állományába (flóra) tartoznak. Egyéb anaerob törzsek még aBacteroidescsoport, melyek a vastagbél normál flórájának részét képezik, azActinomyces, aPrevotellaés aFusobacteriumcsalád, melyek az egészséges szájban is megtalálhatók.