Az egészséges ember összhangban él a legtöbb mikroorganizmussal, melyek megtelepszenek a testen, más szóval kolonizálják azt. Állandó vagy rezidens flórának nevezzük azokat a mikroorganizmusokat, melyek a test egy részét általában elfoglalják. Minden testrész flórájába többféle különböző mikroorganizmus tartozik; vannak helyek, ahol egészéges emberben több száz különféle mikroorganizmus telepszik meg. Rendes körülmények között az állandó flóra nemhogy nem okoz betegséget, de gyakran védi a szervezetet a kórokozókkal szemben. Bármilyen zavart követően az állandó flóra gyorsan és magától helyreáll. Azon mikroorganizmusokat, melyek a gazdaszervezeten vagy benne nem tartósan, csak néhány órára vagy néhány hétre telepednek meg, átmeneti vagy tranziens flórának hívjuk.
Környezeti tényezők - étrendi, tisztasági feltételek, levegőszennyezés, higiénés szokások - határozzák meg, mely fajok alkotják egy személy állandó flóráját. Az abban résztvevő mikroorganizmusok némelyike bizonyos körülmények között betegséget is okozhat. Ilyen körülmények lehetnek az antibiotikumok használata és az immunrendszer gyengesége (például AIDS-es és rákos betegekben, kortikoszteroidot szedő, illetve kemoterápiában részesülő egyénekben). A fertőzések kezelésére szánt antibiotikumok a bőr, a hüvely vagy a belek állandó flórájának nagy részét is elpusztítják, és ilyenkor e csoport más baktériumai, vagy éppen gombák kezdenek el tenyészni, melyekre az a gyógyszer már nem hat. Példa erre a húgyúti fertőzés miatt antibiotikumot szedő nőkben kialakuló hüvelyi gombafertőzés.
