A szívbelhártya-gyulladás egy másik fajtája a nem fertőzéses eredetű. Olyankor alakul ki, ha a károsodott szívbillentyűkön vérrögök jönnek létre. A károsodást veleszületett fejlődési rendellenesség, reumás láz vagy autoimmun betegség (antitestek támadják meg a szívbillentyűket) idézheti elő. Ritkán a károsodást a szívbe helyezett katéter okozza. A leginkább veszélyeztetettek a szisztémás lupusz eritematózuszban (egy autoimmun betegségben) szenvedő; a tüdő-, gyomor- vagy hasnyálmirigyrákos; a tuberkulózisos (TBC-s); a tüdőgyulladásos; a veseelégtelenségben szenvedő (anyagcsere végtermékek halmozódnak fel a vérben); és a megégett betegek. A kórkép, a fertőzéses formához hasonlóan, a billentyűk elégtelen záródásához és nyitásához vezethet. Elég nagy annak esélye, hogy egy vérrög lesodródik (embólus lesz belőle), és szélütést vagy szívrohamot okoz.
A két betegség - a fertőzéses és a nem fertőzéses eredetű endokarditisz - elkülönítése nehéz, ugyanakkor fontos, mert kezelésük különböző. A nem fertőzéses formát akkor diagnosztizálják, ha az ekhokardiográfia vegetációt (burjánzást) mutat ki a szívbillentyűkön, a vérmintában viszont nem találnak baktériumokat. A rögképződés megelőzésére véralvadásgátlókat lehet adni, hasznukat azonban még nem erősítették meg.
